Majelis Ulama Indonesia & Pengurus Besar Nahdlatul Ulama ( PBNU ) turut prihatin dan mengutuk peledakan di kedua hotel Mega Kuningan, Jakarta. Menurut harianbangsa.com, Hasyim Muzadi sebagai ketua PBNU dan ki”ai Ma’Aruf sebagai ketua MUI menyatakan peledakan di kedua hotel tersebut adalah suatu keteledoran pemerintah setelah peledakan beberapa tahun lalu yang juga terjadi di Indonesia. MUI juga menyatakan bahwa pelaku peledakan ini jelas tindakan teroris dan tidak ada sangkut paut dengan agama atau jihat. Karena teror dan bom bukan jihat, dan di setiap agama tidak ada yang mengajarkan kekerasan.